Ochrona zasobów środowiska naturalnego stanowi integralną część polityki strukturalnej i rozwoju obszarów wiejskich. Zasoby naturalne są niezbędnym czynnikiem produkcji w rolnictwie, ale są także bogactwem całego społeczeństwa. Rolnictwo odgrywa rzadko docenianą, a istotną i pozytywną rolę w kształtowaniu środowiska oraz zachowaniu jego walorów przyrodniczych i krajobrazowych. Sektor rolny jest jednak także źródłem zanieczyszczeń i różnych form degradacji środowiska. Obecnie stan środowiska na terenach wiejskich pozostawia wiele do życzenia i liczne aspekty ochrony środowiska wymagają podjęcia działań na znaczącą skalę, szczególnie w odniesieniu do stanu zasobów glebowych i wodnych, gospodarki odpadami oraz ochrony przyrody ożywionej i krajobrazu.
Niezbędnym elementem procesu decyzyjnego w krajach Unii Europejskiej jest instrument ocen oddziaływania na środowisko (OOS), pozwalający między innymi przewidywać i korygować skutki założeń polityki rozwoju gospodarczego i społecznego kraju. Ocenie takiej poddawane są wszystkie dokumenty o charakterze strategicznym.
Przyjęcie przez Polskę ustawodawstwa Unii Europejskiej będzie wymagało podjęcia dodatkowych działań związanych z ochroną środowiska, przyrody i krajobrazu na obszarach wiejskich. Dotyczy to dostosowania się do wymogów ustawodawstwa o charakterze nakazowo-zakazowym w zakresie korzystania z zasobów naturalnych, dopuszczalnych norm zanieczyszczenia, sposobów zagospodarowania odpadów itp. Działania służące realizacji tych dostosowań podejmowane będą w projektach współfinansowanych ze środków pomocowych Unii Europejskiej.
Uznanie działań na rzecz ochrony środowiska, różnorodności biologicznej i krajobrazu za rodzaj usług świadczonych przez rolników na rzecz społeczeństwa stworzy dodatkową możliwość pracy w gospodarstwach rolnych lub będzie zapobiegać utracie istniejących miejsc pracy, a także podniesie walory krajobrazowo-przyrodnicze obszarów rolniczych.
Przyjęcie nowych norm polityki wobec rolnictwa i obszarów wiejskich, z większym niż dotychczas naciskiem na zagadnienia ochrony środowiska, przyczyni się do:
- rozwiązania problemów środowiskowych związanych z działalnością rolniczą;
- tworzenia nowych kierunków rozwoju gospodarstw rolnych na obszarach o wysokich walorach przyrodniczych i krajobrazowych, w tym rozwoju rolnictwa ekologicznego (m.in. na obszarach o mniej korzystnych warunkach gospodarowania, jak tereny górzyste, oraz objętych obecnie lub w przyszłości ochroną prawną), gdzie zachowanie tych walorów stanowi wartość, ponieważ może być bazą rozwoju turystyki;
- zachowania bogactwa zasobów genetycznych zwierząt gospodarskich i roślin uprawnych;
- rozwiązania problemów zagospodarowania gruntów, które ulegają marginalizacji;
- zmiany struktury produkcji rolniczej na obszarach zanieczyszczonych – z produkcji artykułów spożywczych na produkcję na cele przemysłowe (spirytus, oleje itp.).
Instrumenty służące realizacji tych celów będą się dzieliły zasadniczo na następujące grupy:
- wsparcie realizacji inwestycji służących poprawie stanu środowiska naturalnego;
- wsparcie dla rolników stosujących metody produkcji rolniczej służące ochronie środowiska;
- wsparcie dla rolników zalesiających grunty rolne;
- działania szkoleniowe i demonstracyjne.