Najważniejszymi zagrożeniami różnorodności biologicznej krajobrazów rolniczych są:
- środki ochrony roślin powodujące ginięcie wielu gatunków roślin;
- środki owadobójcze, które tępią nie tylko owady szkodliwe, ale także pożyteczne, co pociąga ograniczenie liczebności lub ginięcie wielu gatunków zwierząt,
- nawozy sztuczne, stosowane na użytkach zielonych, powodują bujny rozrost niektórych traw kosztem wielu bardzo cennych, chociażby ze względu na wartość leczniczą i odżywczą dla zwierząt i ludzi,
- zbyt wczesne koszenie łąk powoduje ubożenie łąk, np. niszczenie gniazd ptaków, zanikanie roślin o rozetowej formie wzrostu,
- wprowadzanie uprawy roślin genetycznie modyfikowanych, które mogą przyczyniać się do ginięcia owadów (i zwierząt żywiących się owadami),
- stosowanie pasz i pokarmów dla zwierząt zwierającego m.in. antybiotyki, może modyfikować glebę lub cykle rozwojowe zwierząt. (www.bioróżnorodność.org.pl).
Innym aspektem jest oddziaływanie gospodarki rolnej na bioróżnorodność biologiczną; ograniczenie powierzchni naturalnych i półnaturalnych zbiorowisk, zmiany warunków siedliskowych a w efekcie przekształcanie ekosystemów i ustępowanie gatunków wrażliwych, utrudnianie rozprzestrzeniania się gatunków w wyniku tworzenia barier ekologicznych, czy tworzenie warunków dla rozprzestrzeniania się obcych gatunków i przekształcania ekosystemów (Kaczmarek 2008). Obecnie w Polsce dominują krajobrazy rolnicze – grunty orne (38%) i użytki zielone (11% ); lasy pokrywają tylko 1/3 powierzchni kraju. Z tego powodu ochrona bioróżnorodności na terenach użytkowanych rolniczo jest sprawą bardzo ważną. Funkcjonowanie gospodarki rolnej wymaga bogatej infrastruktury. Większość krajobrazów rolniczych jest poprzecina drogami utwardzonymi i dużym natężeniem ruchu, które są barierami ekologicznymi utrudniającymi rozprzestrzenianie się gatunków. Bariery te, np. drogi szybkiego ruchu oddziałują wszechstronnie na środowisko przyrodnicze, powodując znaczące skutki dla obszarów o najwyższych walorach przyrodniczych i rzadkich gatunków. Rozwój infrastruktury transportowej powoduje zagrożenia dla ochrony bioróżnorodności o niespotykanej dotąd w Polsce skali. Skutki rozwoju sieci drogowej są najbardziej odczuwalne w obszarach o największej wartości przyrodniczej, np. na obszarach Natura 2000, gdzie występują rezerwuary różnorodności biologicznej o randze europejskiej (www.copa-cogeca.be).
Gospodarka rolna stwarza warunki dla rozprzestrzeniania się i zasiedlania ekosystemów przez gatunki obce dla naszej flory i fauny. Gatunki te mogą wypierać rodzime elementy bioróżnorodności i przyczyniać się do ustępowania gatunków o wąskiej amplitudzie ekologicznej. Badania prowadzone w dolinie Narwi przez Jerzego Solona (1997) wykazały, że intensyfikacja rolnictwa zaburza lub niszczy siedliska, upraszcza strukturę i funkcjonowanie krajobrazów wiejskich. Tradycyjne gospodarstwa rolnicze upadają w rejonach niewielkich zdolnościach produkcyjnych, co prowadzi do tego, iż duże gospodarstwa wypierają małe. Warto także wspomnieć o badaniach prowadzonych przez Włodzimierza Chetnickiego (2013) w okolicach Kaniuk nad Narwią. Wynika z nich, że liczebność czajki, krwawodzioba i rycyka zależy od intensywności wypasanego bydła. Zaniechanie wypasu bydła spowodowało całkowite wycofanie się ptaków z tego terenu. Intensywność gospodarki rolnej w naszym kraju jest zróżnicowana przestrzennie – w województwach lubuskim, podkarpackim, małopolskim i świętokrzyskim jak również znacznej części województw podlaskiego, mazowieckiego i łódzkiego występuje gospodarka ekstensywna– rodzaj rolnictwa, w którym stosuje się niewiele sztucznych środków wspomagających uprawy, takich jak nawozy mineralne i pestycydy, co skutkuje jednak zmniejszonymi plonami. W systemie tym nakłady pracy są wysokie, a koszty niskie. Natomiast rolnictwo intensywne jest to system produkcji rolniczej ukierunkowany na maksymalny zysk osiągany w warunkach dużego nakładu pracy i środków finansowych. Charakteryzuje je powszechne zastosowanie wysoko wydajnych odmian, ciężkich maszyn, zawansowanych technik uprawy i hodowli, nawozów mineralnych i środków ochrony roślin. Rolnictwo intensywne przeważa na zachodniej części Polski głównie w województwie opolskim i kujawsko-pomorskim.
W obecnej sytuacji ekonomicznej i gospodarczej kraju jesteśmy zobligowani do podjęcia różnorodnych działań służących zachowaniu bioróżnorodności:
- badania i innowacje w rolnictwie w służbie bioróżnorodności,
- dostosowanie struktury gospodarstw do zachowania bioróżnorodności,
- zachęty finansowe i doradztwo w zakresie praktyk respektujących bioróżnorodność,
- włączenie rolników do ochrony bioróżnorodności na obszarach Natura 2000,
- upowszechnienie rolnictwa ekologicznego (Górny 1997).
