Przygotowanie programu operacyjnego dla SAPARD, decyzją Komitetu Integracji Europejskiej podjętą we wrześniu 1998, powierzono Ministerstwu Rolnictwa i Gospodarki Żywnościowej, które współpracuje w tym zakresie z Ministerstwem Finansów, Ministerstwem Pracy i Polityki Socjalnej, Ministerstwem Ochrony Środowiska Zasobów Naturalnych i Leśnictwa, Ministerstwem Gospodarki, partnerami regionalnymi i partnerami społecznymi oraz instytucjami wdrażającymi program.
W Ministerstwie Rolnictwa i Gospodarki Żywnościowej w listopadzie 1998 r. powołano Departament Pomocy Przedakcesyjnej i Funduszy Strukturalnych jako jednostkę odpowiedzialną za koordynację przygotowania i realizacji programu SÄPARD w Polsce.
Aktualnie kontynuowane są w resorcie prace nad dokumentem „Spójna polityka strukturalna rozwoju obszarów wiejskich i rolnictwa”. W wyniku negocjacji rządu ze związkami zawodowymi i w efekcie zawartego porozumienia zaistniała konieczność uwzględnienia w powyższym dokumencie uzgodnień rządu oraz przyjętych założeń do „Paktu dla Wsi”. Wymagało to szeregu dalszych prac, które już są na ukończeniu i wzbogacony o nowe elementy dokument „Spójna polityka strukturalna rozwoju obszarów wiejskich i rolnictwa” zostanie przekazany pod obrady KERM, a po jego rekomendacji – na posiedzenie Rady Ministrów.
W dokumencie tym sformułowane zostały główne cele polityki strukturalnej rozwoju obszarów wiejskich i rolnictwa oraz kierunki działań w okresie kilku najbliższych lat (do roku 2006). ?Spójna polityka strukturalna rozwoju obszarów wiejskich i rolnictwa” będzie podstawą do przygotowania programów operacyjnych, w tym programu SAPARD.
Stosownie do ustawy kompetencyjnej za tworzenie i realizowanie polityki regionalnej odpowiedzialne są sejmiki samorządowe.
W każdym województwie władze sejmików samorządowych wytypowały pracowników urzędów marszałkowskich odpowiedzialnych za program SAPARD. Stały przepływ informacji na temat tego programu, przekazywanych z MRiGŻ do potencjalnych beneficjantów programu SAPARD (gmin, rolników, firm) odbywa się poprzez urzędy marszałkowskie.
W dniu 18 lutego 1999 r. w MRiGŻ odbyła się konferencja z udziałem wytypowanych przedstawicieli urzędów marszałkowskich. Stosując się do jednej z podstawowych zasad polityki strukturalnej UE jaką jest zasada partnerstwa, wybór priorytetów stanowiący bazę wyjściową dla opracowania programu operacyjnego, musi być odbiciem potrzeb regionów. W tym celu urzędy marszałkowskie przeprowadziły na przełomie marca i kwietnia cykl seminariów (przy współpracy z DPPiFS), na których zostały przedstawione podstawowe informacje o programie SAPARD, a w części warsztatowej prowadzono dyskusje z partnerami regionalnymi odnośnie wyboru głównych działań priorytetowych zaproponowanych w projekcie rozporządzenia SAPARD i gotowości współfinansowania wskazanych przedsięwzięć. Spośród katalogu 15 działań określonych w art. 2 projektu rozporządzenia, mając na uwadze kolejną zasadę polityki strukturalnej – zasadę koncentracji, należy wybrać te, które będą współfinansowane w ramach programu SAPARD. Na seminaria regionalne zaproszeni zostali przedstawiciele urzędów wojewódzkich, ORDów, izb rolniczych, związków i organizacji rolniczych, urzędów pracy, powiatów i gmin, grup producenckich, agencji zajmujących się rozwojem regionalnym. W Departamencie Pomocy Przedakcesyjnej i Funduszy Strukturalnych opracowano ankietę, która zostanie rozesłana do wszystkich województw. Wyniki ankiety zakończą etap wyboru działań określonych w rozporządzeniu SAPARD. W Departamencie Pomocy Przedakcesyjnej i Funduszy Strukturalnych trwają również prace nad opracowaniem schematu wdrażania i zarządzania programem SAPARD w Polsce oraz przygotowywaniem ram prawnych i finansowych do prawidłowego funkcjonowania tego programu, zgodnie z wymogami Unii Europejskiej. Do pełnienia roli jednostki płatniczej do programu SAPARD wstępnie wytypowana została Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa.
Biorąc pod uwagę skalę programu w Polsce przewiduje się, że do wdrażania programu zaangażowanych zostanie szereg instytucji takich jak Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, FAPA, Agencje Rozwoju Regionalnego, Ośrodki Doradztwa Rolniczego i inne.
Określony szczegółowo w projekcie rozporządzenia harmonogram działań przewiduje okres maksymalnie do sześciu miesięcy, od momentu przyjęcia rozporządzenia, na złożenie przez kraj kandydujący do Komisji Europejskiej planu operacyjnego rozwoju obszarów wiejskich. Komisja zastrzega sobie okres kolejnych 6 miesięcy na podjęcie decyzji. Podkreślić trzeba również fakt, iż podział funduszy pomiędzy 10 krajów kandydujących dokonany będzie na podstawie wybranych wskaźników (liczba ludności rolniczej, powierzchnia użytków rolnych, PKB na osobę, specyficzna sytuacja terytorialna). Tylko czwarty wskaźnik jest elastyczny i od niego zależy czy Polska uzyska więcej, niż wynika to z trzech pierwszych. Należy się spodziewać dla naszego kraju sumy około 150 min euro, z szansą na 250 mln euro (wariant bardzo optymistyczny).
W oparciu o projekt rozporządzenia i wiadomości uzyskiwane na seminariach organizowanych przez Komisję Europejską, rozpoczęto w Departamencie Pomocy Przedakcesyjnej i Funduszy Strukturalnych (DPPIFS) MRIGŻ intensywne prace nad programem operacyjnym SAPARD. Rozpoczęcie przygotowywania konkretnych projektów przez beneficjentów programu przewidziane jest na drugą połowię b.r.
Kwestia przyjmowania oraz zagospodarowania zagranicznych środków pomocowych reguluje ustawa z dnia 5 listopada 1998 r. o finansach publicznych. W art. 63 tej ustawy jako przeznaczenie wydatków budżetu państwa wymienia się również możliwość współfinansowania programów realizowanych ze środków pochodzących ze źródeł zagranicznych nie podlegających zwrotowi. Ponadto MRiGŻ wystąpiło do Ministerstwa Finansów z wnioskiem o zabezpieczenie środków budżetowych w roku 2000 na współfinansowanie programu SAPARD. Podstawowe zasady finansowania programów przedakcesyjnych przyjęte zostały przez Radę Europejską jako część pakietu Agenda 2000 na szczycie Unii Europejskiej w Berlinie w dniach 24 – 25.03.1999 r. Nie zostało jednak jeszcze ostatecznie ustalonych wiele kwestii szczegółowych. Z informacji jakie otrzymujemy wynika, że finansowanie programu odbywać się będzie z Sekcji Gwarancji. Mimo, że pierwszy projekt rozporządzenia SAPARD przewidywał takie rozwiązanie, to w wyniku starań krajów kandydujących, w tym Polski, skłaniano się do zmiany zapisów, tak aby SAPARD mógł być finansowany z Sekcji Orientacji, co znacznie uprościłoby procedury związane przykładowo z koniecznością powoływania i akredytacji agencji płatniczej w tak krótkim czasie.